纳税人未按期进行纳税申报，但按期缴纳了税款。在这种情况下，纳税人的行为违反了纳税申报管理规定，影响了正常的税收管理秩序。
　　一、纳税人未按期进行纳税申报，但按期缴纳了税款。在这种情况下，纳税人的行为违反了纳税申报管理规定，影响了正常的税收管理秩序。税务机关应根据《征管法》第六十二条的规定纳税人未按照规定的期限办理纳税申报和报送纳税资料的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款。
　　二、纳税人按期如实进行了纳税申报，但逾期未缴纳税款。在这种情况下，纳税人的行为违反了税款征收管理规定，导致国家税款不能及时入库。税务机关第一是依据《征管法》第四十条的规定从事生产、经营的纳税人未按照规定的期限缴纳税款，由税务机关责令限期缴纳，逾期仍未缴纳的，经县以上税务局（分局）局长批准，税务机关可以采取下列强制执行措施：（一）书面通知其开户银行或者其他金融机构从其存款中扣缴税款；（二）扣押、查封、依法拍卖或者变卖其价值相当于应纳税款的商品、货物或者其他财产，以拍卖或者变卖所得抵缴税款。税务机关采取强制执行措施时，对前款所列纳税人未缴纳的滞纳金同时强制执行。个人及其所扶养家属维持生活必需的住房和用品，不在强制执行措施的范围之内。第二是依据《征管法》六十八条的规定纳税人在规定期限内不缴或者少缴应纳或者应解缴的税款，经税务机关责令限期缴纳，逾期仍未缴纳的，税务机关除依照本法第四十条的规定采取强制执行措施追缴其不缴或者少缴的税款外，可以处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。
　　三、纳税人按期进行了纳税申报，但申报不实。申报不实与虚假申报的含义是一致的。针对纳税人的不实申报，税务机关应责令其限期改正，并区别不同情况追究其法律责任。
　　1.纳税人进行虚假的纳税申报，且造成不缴或者少缴应纳税款。纳税人的这种行为属偷税，税务机关应依据《征管法》第63条的规定对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
　　2.纳税人进行虚假的纳税申报，未形成不缴或者少缴应纳税款。纳税人的这种行为，违反了纳税申报管理的规定，但未形成不缴或者少缴应纳税款。对这类行为，不能按偷税进行处罚，应依据六十四条第一款纳税人、扣缴义务人编造虚假计税依据的，由税务机关责令限期改正，并处五万元以下的罚款。
　　3.纳税人未按期进行纳税申报，经税务机关通知申报而拒不申报。针对这种情况税务机关应依据《征管法》第三十五条的规定第五点发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的；税务机关可行使税款核定权。在此基础上，税务机关应区别纳税人是否形成不缴或者少缴应纳税款，依法追究其法律责任。
　　（1）经税务机关通知申报而拒不申报，形成不缴或者少缴应纳税款。针对这种情况，税务机关应依据《征管法》第六十三条的规定，认定为偷税。对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
　　（2）经税务机关通知申报而拒不申报，但未形成不缴或者少缴应纳税款。针对这种情况，税务机关应依据《征管法》第六十二条之规定，纳税人未按照规定的期限办理纳税申报和报送纳税资料的，按情节严重对待，可以处二千元以上一万元以下的罚款。
　　4.纳税人不进行纳税申报，不缴或者少缴应纳税款。纳税人行为既违反了纳税申报的管理规定，也违反了税收征收管理的规定。税务机关应依据《征管法》第四十条的规定从事生产、经营的纳税人未按照规定的期限缴纳税款，由税务机关责令限期缴纳，逾期仍未缴纳的，经县以上税务局（分局）局长批准，税务机关可以采取下列强制执行措施：（一）书面通知其开户银行或者其他金融机构从其存款中扣缴税款；（二）扣押、查封、依法拍卖或者变卖其价值相当于应纳税款的商品、货物或者其他财产，以拍卖或者变卖所得抵缴税款。税务机关采取强制执行措施时，对前款所列纳税人未缴纳的滞纳金同时强制执行。个人及其所扶养家属维持生活必需的住房和用品，不在强制执行措施的范围之内。
　　并依据第六十四条第二款的规定纳税人不进行纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。
　　对于税收与会计差异造成少缴税款，如果会计核算科目正确没有进行纳税调整，第一次可以按未按规定申报处罚，如果税务机关已要求调整过又再犯的应按偷税处罚。如果是会计核算错误如收入挂往来等就应对照六十三条列举手段进行定性。