目前，货物运输业增值税专用发票代开工作在国税机关已全面开展起来，且代开量有愈来愈大的趋势。鉴于货运业增值税专用发票代开工作中已经出现或将来可能出现的问题，税务机关必须采取措施，堵塞管理漏洞。
　　一是完善代开流程，切实加强管理。目前，货运业增值税专用发票代开工作主要在办税服务厅进行。由于服务厅人员对纳税人真实经营情况掌握有限，很容易被纳税人钻空子，造成骗税发生。为解决这一问题，应建立办税服务厅代开与税收管理员审核相互衔接制度。具体来说就是，纳税人在办税服务厅申请代开货运业增值税专用发票，办税服务厅工作人员在案头审核发现疑问时，将相关资料传递给税源管理部门，税收管理员接到资料后立即进行调查，看其实际经营能力与代开业务是符合相符，代开业务是否真实，有无虚构代开业务。调查完毕，签署意见，传给办税服务厅。业务真实的，进行代开;业务虚假的，退还纳税人，不予代开。
　　二是摸清税源情况，实行分类监控。应组织税收管理员对所辖区域从事货物运输业的纳税人进行专项户籍清理。清理过程中，要充分利用交通运输管理部门的纳税人信息，对照名单，有的放矢开展清查。根据其生产经营能力，分为ABC类进行管理。可考虑将年销售额超过500万元的纳税人作为A类纳税人，将年销售额低于500万元但财务健全的纳税人作为B类纳税人，将财务核算混乱或不核算的纳税人作为C类纳税人。其中，将A类纳税人作为管理的重点，及时认定为一般纳税人，防止化整为零代开。对C类纳税人要作为管理的难点，随时核实其货物运输的原始单据，防止弄虚作假代开。
　　三是加强巡查巡管，掌握经营情况。应开展经常性税源巡查，每月至少到纳税人经营场所实地开展一次巡查，全面掌握纳税人货物运输能力变化和真实经营情况，详细做好纳税人真实运输情况的巡查记录。当税收管理员审核发现纳税人申请代开专用发票量明显超过实际经营量，应通知办税服务厅就超量部分停止代开。
　　四是加强调查研究，实行分类预警。上级税务机关要组织下级税务机关对纳税人经营各类车型、货物、里程的月单位运费等情况进行全面调查，制定出分车型、货物种类、里程的运费最高预警值信息，发布给相应地区，供当地税务机关代开时参考使用。当纳税人申请代开的运费金额显著超过最大预警值，就立即预警，等查清原因再代开。
　　五是加强案头审核，搞好源头控管。办税服务厅人员审核纳税人货运代开申请信息是做好货运专用发票代开工作的第一道“防线”，必须要加强案头资料信息的审核管理，从源头加强控管。办税服务厅人员要认真学习货运业代开专用发票的管理规定，始终牢固树立风险管控意识，自觉增强工作责任心。在审核纳税人代开信息时要认真细致，看纳税人有无化整为零、单位运价明显离谱、承租关系不明等异常情况。一旦出现疑问，立即停止代开，及时通知相关税收管理员进行调查，查清情况后再代开。