《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》(国家税务总局2012年第57号公告，以下简称57号公告)结合2008年汇总纳税政策执行以来出现的问题，对原汇总纳税政策进行了部分调整。
　　主要变化包括：一是明确了总、分支机构都要进行年度汇算清缴申报，共同参与应补退税款分配。即汇算清缴应补应退税款按照预缴分配比例分配给总分机构，由总分机构分别就地办理税款缴库或退库。改变了原政策年度汇算清缴由总机构通过中央国库统一办理补退税款、分支机构不参与就地分享的做法。
　　二是预缴申报及年度汇算清缴中，计算分配比例的“三因素”基数统一确定为各分支机构上年度的营业收入、职工薪酬、资产总额。分配比例不再以1月～6月或7月～12月上下半年做区分，一个纳税年度中，原则上各分支机构的分摊比例预缴与年度汇算清缴一致。
　　三是明确了总分机构查补税款就地入库问题，突破了就地监管的政策瓶颈。57号公告规定，总机构的查补税款，统一计算查增应纳税所得额和应纳税额后，按总机构50%、各分支机构50%入库;分支机构的查补税款，按总机构50%、被查的分支机构50%入库。
　　四是更加细化、规范了总分机构日常管理及纳税申报需要报送的资料。特别明确了年度汇算清缴申报，总机构及各分机构报送的资料中，不仅包括年度申报表、财务报表、分配表，还需附送各分支机构按附表三《纳税调整项目明细表》项目参与年度汇算清缴的纳税调整情况说明。
　　上述政策调整，对年度汇算清缴最重要的影响在于：总、分支机构年度汇算清缴的申报出现变化。新政策规定，汇总纳税企业年度汇算清缴时，由总机构汇总计算年度应纳所得税额，扣除总、分支机构已预缴税款计算出的应缴应退税款，按照政策规定的税款分摊方法，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。《国家税务总局关于明确跨地区经营企业所得税汇总纳税分支机构年度纳税申报有关事项的公告》(国家税务总局公告2013年第44号)进一步明确，汇总纳税企业的分支机构年度纳税申报，用《企业所得税月(季)度预缴纳税申报表(A类)》填报，并同时附送《汇总纳税分支机构分配表》。
　　2013年是57号公告发布后的第一个汇算清缴年度，也是汇总纳税总、分支机构第一次按新政策进行汇算清缴申报，需要掌握以下原则：一是总、分支机构年度申报与预缴申报的申报方式一致;二是各分支机构之间分摊税款的分配比例，年度纳税申报与当年度预缴申报一致，即统一为上年度各分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算的分配比例;三是年度汇算清缴总、分支机构分别就地办理税款缴库或退库。
　　以下用国家税务总局出台的新表样，实例说明汇总纳税企业总机构及分支机构的纳税申报。

　　案例
　　A企业为一家大型综合性服务企业，其分别于2010年前在郑州、合肥、贵阳设立了三家分支机构。其中，贵阳分支机构属于负责联络的内部辅助部门，不进行生产经营。该企业2013年汇总后营业收入1500万元、营业成本1020万元、营业税金及附加10万元、销售费用80万元、管理费用210万元、投资收益-100万元、营业外收入120万元、利润总额210万元，纳税调增额470万元、纳税调减额30万元，纳税所得额640万元、应纳所得税额160万元。该企业2013年第一季度～第四季度实际已预缴所得税60万元(包括分支机构的预缴税款)，A企业汇算清缴应补税款100万元。依据政策各分支机构应分摊的税款为50万元(100×50%)，A企业的三家分支机构2012年度3项指标如下：
　　郑州分公司：收入260万元、工资130万元、资产300万元;
　　合肥分公司：收入120万元、工资90万元、资产400万元;
　　贵阳分公司：收入0万元、工资80万元、资产600万元。
　　A企业2013年度汇算清缴的纳税申报填报：
　　1.A企业总机构按照汇总数据填报的年度纳税申报(见表二)
　　2.A企业总机构依据各分支机构上年度的三因素填报《汇总纳税分支机构所得税分配表》
　　(1)由于贵阳分支机构属于内部辅助部门，属于不进行生产经营的二级分支机构，不参与分摊税款，不填报分配表及申报表。
　　(2)计算郑州、合肥两家分公司的分配比例。
　　郑州分公司分配比例=260÷(260+120)×0.35+130÷(130+90)×0.35+300÷(300+400)×0.3=57.49%
　　合肥分公司分配比例=120÷(260+120)×0.35+90÷(130+90)×0.35+400÷(300+400)×0.3=42.51%
　　(3)填报《汇总纳税分支机构所得税分配表》(见表一)
　　2.各分支机构分别填报分支机构年度纳税申报表并就地纳税。
　　(1)郑州分公司填报的年度纳税申报表。
　　在2013分支机构企业所得税年度纳税申报(A类)第30行“总机构已撤销分支机构应分摊所得税额”填写“50”，31行“分支机构分配比例”填写57.49%，“分支机构分配税额”填写28.745。
　　(2)合肥分公司填报的年度纳税申报表。
　　在2013分支机构企业所得税年度纳税申报(A类)第30行“总机构已撤销分支机构应分摊所得税额”填写“50”，32行“分支机构分配比例”填写42.51%，“分支机构分配税额”填写21.255。
　　A企业2013年汇算清缴由总机构申报纳税50万元，郑州分公司申报纳税28.745万元，合肥分公司申报纳税21.255万元，并分别就地缴纳。
　　如果将上述案例改为A企业汇算清缴应退税100万元，其他条件不变。A企业2013年汇算清缴年度纳税申报的填报方法相同，由总机构申报退税50万元，郑州分公司申报退税-28.745万元，合肥分公司申报退税21.255万元，并分别就地办理。