国家税务总局对二级分支机构查补税款计算与分摊入库问题的处理要遵循3个原则，一是要坚持法人所得税制，二是要遵循《财政部、国家税务总局、中国人民银行关于印发〈跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理办法〉的通知》(财预〔2012〕40号)文件的基本分配框架，三是要尽量提高二级分支机构所在地税务机关就地监管的积极性。

基于此，《办法》第二十八条明确，二级分支机构所在地主管税务机关可自行对其主管二级分支机构实施税务检查，但对查补税款的计算应按照法人所得税制的要求进行，不得侵犯纳税人的合法权益。

同时明确，对二级分支机构的查补税款，50%应分配给总机构缴纳(总机构所在地和中央国库待分配账户各占25%)，50%分配给参与检查的二级分支机构缴纳，没参与检查的其他二级分支机构不参与查补税款的分配。这样，既坚持了财预〔2012〕40号文件的基本分配格局，又适当体现了对就地监管努力的尊重，有利于提高征管效率，堵塞征管漏洞。另外，对这一问题的处理，也将在税务总局与财政部、中国人民银行联合发布的文件中得到体现。